未按規(guī)定辦理專項附加扣除，會對企業(yè)行政處罰或者影響納稅義務減輕的稅收優(yōu)惠政策產生相應的影響。

一方面，未按規(guī)定辦理專項附加扣除，將可能受到相應的行政處罰。稅務機關將對未按規(guī)定辦理專項附加扣除行為采取行政處罰，一般包括罰沒金額、責令限期改正、責令停止違法行為、停業(yè)整頓、公開譴責、申請吊銷營業(yè)執(zhí)照等措施，具體根據實際情況而定。

另一方面，未按規(guī)定辦理專項附加扣除，可能會影響到企業(yè)可以享受的稅收優(yōu)惠政策，由于稅收優(yōu)惠政策是有先后順序的，企業(yè)在可以享受的稅收優(yōu)惠政策之中，可能就沒有未按規(guī)定辦理專項附加扣除的政策了，企業(yè)就失去了納稅義務減輕的機會。

此外，未按規(guī)定辦理專項附加扣除也可能影響到企業(yè)的信用評價，一般來說，企業(yè)的信用評價很大程度上衡量企業(yè)的信用狀況，而企業(yè)未按規(guī)定辦理專項附加扣除，會對企業(yè)的信用評價產生不利的影響，從而影響到企業(yè)的信用獲得。

因此，企業(yè)一定要按規(guī)定辦理專項附加扣除，以確保企業(yè)的財務狀況正常，減輕企業(yè)的稅收負擔，防止受到不必要的稅收處罰。

拓展知識：稅收優(yōu)惠政策是指國家為幫助企業(yè)或其他經濟主體開展經濟活動，減輕其納稅義務所采取的稅收優(yōu)惠類政策，包括抵免、減免、免征等稅收優(yōu)惠政策。這些政策按照一定的程序和條件逐步實行，在一定的稅收年度內生效，以對經濟主體實施稅收優(yōu)惠，改善其經濟狀況。