如果是由于管理不善造成的存貨毀損，應該做進項稅額轉出，

即：管理不善造成的原材料毀損：

借：待處理財產損溢，

貸：原材料；

借：管理費用，

貸：待處理財產損溢、應交稅費-應交增值稅(進項稅額轉出)等。

不得從銷項稅額中抵扣的進項稅額，但是企業已經抵扣的，需要作進項稅額轉出處理，具體情形包括：

1.用于簡易計稅方法計稅項目、免征增值稅項目、集體福利或者個人消費的購進貨物、加工修理修配勞務、服務、無形資產和不動產。其中涉及的固定資產、無形資產、不動產，僅指專用于上述項目的固定資產、無形資產(不包括其他權益性無形資產)、不動產。

2.非正常損失所對應的進項稅，具體包括：

(1)非正常損失的購進貨物，以及相關的加工修理修配勞務和交通運輸服務。

(2)非正常損失的在產品、產成品所耗用的購進貨物(不包括固定資產)、加工修理修配勞務和交通運輸服務。

(3)非正常損失的不動產，以及該不動產所耗用的購進貨物、設計服務和建筑服務。

(4)非正常損失的不動產在建工程所耗用的購進貨物、設計服務和建筑服務。納稅人新建、改建、擴建、修繕、裝飾不動產，均屬于不動產在建工程。

3.特殊政策規定不得抵扣的進項稅，

(1)購進的貸款服務、餐飲服務、居民日常服務和娛樂服務。

(2)納稅人接受貸款服務向貸款方支付的與該筆貸款直接相關的投融資顧問費、手續費、咨詢費等費用，其進項稅額不得從銷項稅額中抵扣。