通行費電子普通發票是可以抵扣進項稅額的。根據財稅〔2017〕90號第七項規定，自2018年1月1日起，納稅人支付的道路、橋、閘通行費，按照以下規定抵扣進項稅額：

納稅人支付的橋、閘通行費，暫憑取得的通行費發票上注明的收費金額按照下列公式計算可抵扣的進項稅額：

橋、閘通行費可抵扣進項稅額=橋、閘通行費發票上注明的金額÷(1+5%)×5%。

根據《關于收費公路通行費增值稅電子普通發票開具等有關事項的公告》，2018年1月1日以后使用ETC卡或用戶卡交納的通行費，以及ETC卡充值費可通過發票服務平臺開具通行費電子發票，不再開具紙質票據。

通行費電子發票開具流程：

1、辦理ETC卡或用戶卡。ETC卡或用戶卡是指面向社會公開發行的用于記錄用戶、車輛信息的IC卡，其中ETC卡具有收費公路通行費電子交費功能。客戶可以攜帶有效身份證件及車輛行駛證前往ETC客戶服務網點辦理ETC卡或用戶卡，具體辦理要求請咨詢各省（區、市）ETC客戶服務機構。

2、發票服務平臺賬戶注冊。客戶登錄發票服務平臺網站www.txffp.com或“票根”APP，憑手機號碼、手機驗證碼免費注冊，并按要求設置購買方信息。客戶如需變更購買方信息，應當于發生充值或通行交易前變更，確保開票信息真實準確。

3、綁定ETC卡或用戶卡。客戶登錄發票服務平臺，填寫ETC卡或用戶卡辦理時的預留信息（開戶人名稱、證件類型、證件號碼、手機號碼等），經校驗無誤后，完成ETC卡或用戶卡綁定。

4、發票開具。客戶登錄發票服務平臺，選取需要開具發票的充值或消費交易記錄，申請生成通行費電子發票。發票服務平臺免費向用戶提供通行費電子發票及明細信息下載、轉發、預覽、查詢等服務。