通行費發票的計算茹下進行操作：

1、取得增值稅電子普通發票的，為發票上注明的稅額，

2、取得注明旅客身份信息的航空運輸電子客票行程單的，為按照下列公式計算進項稅額，

航空旅客運輸進項稅額=（票價+燃油附加費）÷（1+9%）×9%，

3、取得注明旅客身份信息的鐵路車票的，為按照下列公式計算的進項稅額，

鐵路旅客運輸進項稅額=票面金額÷（1+9%）×9%，

4、取得注明旅客身份信息的公路、水路等其他客票的，按照下列公式計算進項稅額，

公路、水路等其他旅客運輸進項稅額=票面金額÷（1+3%）×3%，

補充：通行費發票如何進行審報填寫：

取得增值稅專用發票，在申報采集后自動提取到《增值稅納稅申報表附列資料（二）》“（一）認證相符的增值稅專用發票”對應欄次中；

2、取得增值稅電子普通發票或注明旅客身份信息的航空、鐵路等票據，在申報時填寫在《增值稅納稅申報表附列資料（二）》第8b欄“其他”中；

3、將上述本期購進旅客運輸服務的合計（包含專票等允許抵扣的票據），填寫在第10欄“本期用于抵扣的旅客運輸服務扣稅憑證”中，本欄不參與稅款計算。