專用發票丟失處理流程主要有以下幾步：

1.首先，購方需在專用發票丟失的3個日歷月內，及時向發票管理機構申報丟失。

2.發票管理機構需按照有關規定發放替代發票，在發放替代發票時，發票管理機構要求購方填寫專用發票丟失登記表，并由購方和銷方簽字蓋章。

3.購方需提供相關支付憑證，如電子匯聯系統憑證、銀行轉賬憑證、支票等，便于核實核銷情況；

4.發票管理機構需有專人負責收集、歸檔專用發票補錄所需的相關資料。

5.在補錄完成后，發票管理機構需將證明材料放入發票管理檔案，供今后查詢。

拓展知識：

專用發票補錄后，發票管理機構需要對發票開具方作出警示和處分，對發票開具方繳納欠繳稅款、補繳違約金等。同時，發票管理機構還要按規定給予處罰，包括暫扣發票票據，收繳發票，以及責令改正等。此外，如果發票丟失的發生頻率過高，發票管理機構還可以對發票開具方進行抽檢，以確定發票開具方是否有失信行為，并采取措施對發票開具方實行處罰。