對財務報表進行分析，有助于我們全面地把握公司的財務情況和評估決策績效，但是也應清醒地認識到財務報表分析的局限性：

　　首先，企業的資產以及利潤表中的產品銷售成本是按資產或存貨獲得時所支付的金額記錄的，因此資產和銷售成本不是按資產或存貨現行價值反映的。在通貨膨脹的情況下，有可能引起資產報酬率或權益報酬率的高估。另外，歷史成本的原則還導致同業新老企業比較的困難。

　　其次，會計方法選擇和會計估計的普遍存在。會計準則和制度中常常允許對相同的業務采取多個可選擇的方法之一，即使對同類固定資產都采用直線法折舊，不同企業對資產的使用年限、使用年限未能夠在市場上可變賣的價值（殘值）的估計也可能是不一樣的。克服這些問題的方法有：其一，在企業集團內部的績效考核之前，應該按行業統一企業會計制度，盡可能地減少或甚至禁止對同一類經濟業務的不同會計處理方法。其二，作為分析人員，應采用一些剔除由于會計政策不一致對財務指標的影響。

　　另外，財務指標也具有局限性。企業的內部控制程序是否有效以及企業作為組織的創新和學習能力怎樣等是財務指標所不能反映或不能完全反映的，必須借助于其他的非財務指標，甚至是難以量化的指標來考核。